Dej je zasadený do bezútešného lodýnského sirotinca, kde svoj doterajší život strávil neskrotný dvanásťročný chlapec menom Peter. Jednej noci sa z ničoho nič ocitne v Krajine-Nekrajine. V nej zažije pestrú paletu neuveriteľných dobrodružstiev, to všetko pri pátraní po kľúči k tajomstvu svojej matky. Pritom sa Peter Pan musí vysporiadať s drsným pirátom Čiernofúzom, rovnako aj sám so sebou, aby dokázal zachrániť Krajinu-Nekrajinu. Po boku mu pri tom stojí bojovná Tiger Lily a staronový James Hook.