Príbeh o Marisse Cortez Wilsonovej, ktorá má všetko, po čom túži - úspešného a pekného manžela, nádherné bábätko a dve úžasne chytré, nevlastné deti ... lenže nič nie je také ružové, ako sa zdá. Jej malá dcéra si robí, čo chce, dvojčatá, Rebecca a Cecil, ju jemne povedané neznášajú a manžel by ani nespoznal, že doma žije so superšpiónkou. Marissin svet sa otočí hore nohami, keď šialený zloduch hrozí ovládnuť svet a ona je povolaná do akcie. Okrem nej sú však do záchrannej misie zapojení aj Rebecca s Cecil. Nielen že zistia pravú totožnosť svojej macochy, musia tiež zapojiť svoje mozgové závity a prísť na to, ako zloducha zneškodniť. Všetka sranda ide teraz bokom. Spy Kids bojujú za záchranu stroja času.
