Preslavené pokračovanie sfilmovaného komiksu Želvy Ninja 2, kde sa opäť stretnete s vašimi obľúbenými Korytnačkami: Michelangelom, Donatellom, Leonardom a Raphaelom. Ich uhlavný nepriateľ s prezývkou Trhač, ktorý utečie z väzenia, spojí sa so svojími známymi Bebopem a Rocksteadym, aby sa pomstil zeleným mutantom za prehrešky z minulosti. K tomu sa ešte do zástupu nepriateľov pridruží nahnevaný zástupca mimozemskej civilizácie, ktorý si hovorí Krang. Na také veľké sústo nebudú naši zelení priatelia stačiť sami, preto po ich boku bude stáť dobre známa April O'Neillová a na pomoc si zoberú aj rebela Caseyho Jonese.